ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Zea mays subsp. mays mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007982	AG	7	104	116	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_007982	AG	7	2838	2850	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_007982	AATG	3	3789	3801	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_007982	CTCTA	5	4498	4522	25	20 %	40 %	0 %	40 %	8 %	Non-Coding
5	NC_007982	TGGT	3	4624	4635	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_007982	ATAG	3	4756	4766	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_007982	ATTTC	4	5247	5267	21	20 %	60 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
8	NC_007982	ACGAG	3	5390	5404	15	40 %	0 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007982	AAGG	3	8360	8370	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_007982	TATTC	3	8428	8441	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
11	NC_007982	CA	6	8716	8726	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
12	NC_007982	TGAT	3	9488	9498	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	94502570
13	NC_007982	AG	6	10593	10604	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_007982	GGTT	3	10970	10981	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_007982	AGC	4	11186	11197	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	94502560
16	NC_007982	ATA	4	12410	12421	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	94502560
17	NC_007982	ATC	5	12518	12532	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	94502560
18	NC_007982	CTT	4	12996	13007	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	94502560
19	NC_007982	CT	6	13510	13520	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
20	NC_007982	GAA	4	13579	13591	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_007982	CTG	4	14241	14251	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
22	NC_007982	GAAG	3	14364	14375	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_007982	TAC	4	15224	15235	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
24	NC_007982	TC	6	15289	15299	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
25	NC_007982	ATAAGG	3	16556	16573	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007982	ACAG	3	16971	16983	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
27	NC_007982	TTC	4	17227	17238	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
28	NC_007982	TAGC	3	18609	18621	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	94502579
29	NC_007982	CTCTCG	4	18696	18719	24	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	4 %	94502579
30	NC_007982	AGGAAG	3	20566	20584	19	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	94502571
31	NC_007982	TAC	5	21063	21077	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
32	NC_007982	TATAG	3	21252	21266	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	94502656
33	NC_007982	TAG	5	21368	21382	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	94502656
34	NC_007982	GAT	4	22246	22257	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	94502708
35	NC_007982	GA	6	23324	23335	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_007982	AAG	4	24411	24424	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_007982	GAGT	3	24485	24497	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_007982	GTGG	3	24854	24865	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_007982	TCATA	6	26676	26705	30	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007982	GAT	4	27069	27079	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	94502695
41	NC_007982	TTCT	3	27261	27273	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	94502667
42	NC_007982	GTT	4	27329	27339	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	94502667
43	NC_007982	GTC	4	27537	27548	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94502667
44	NC_007982	GA	6	27952	27962	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_007982	CT	7	28064	28077	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
46	NC_007982	CTTG	3	28983	28995	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
47	NC_007982	TCCA	3	30714	30726	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
48	NC_007982	TAGC	4	31390	31405	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
49	NC_007982	GAAA	3	33406	33417	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_007982	AAGT	3	33797	33807	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_007982	ATGAGT	3	34566	34583	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007982	TCAA	3	34667	34678	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_007982	TTTC	3	35438	35448	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
54	NC_007982	TCT	4	37261	37271	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
55	NC_007982	CCTT	3	42109	42120	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
56	NC_007982	GA	7	42331	42344	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_007982	GATC	3	42462	42473	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
58	NC_007982	CTTT	3	42602	42613	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
59	NC_007982	CGAA	3	42989	42999	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
60	NC_007982	GGAT	3	43026	43040	15	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_007982	CTTTT	3	43537	43551	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
62	NC_007982	TTCG	3	43682	43693	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_007982	AG	6	44420	44430	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_007982	TAAAG	4	44567	44586	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
65	NC_007982	TCTT	3	45718	45729	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
66	NC_007982	CTTG	3	45880	45890	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_007982	AGGA	3	46168	46179	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_007982	CTT	4	47002	47012	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
69	NC_007982	CTCG	3	47455	47465	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
70	NC_007982	TCCA	3	48214	48225	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
71	NC_007982	AGA	4	48293	48303	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_007982	CTT	4	48504	48515	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
73	NC_007982	CTACA	3	51240	51254	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	94502722
74	NC_007982	CGT	4	52006	52016	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	94502722
75	NC_007982	GAT	4	52140	52150	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	94502722
76	NC_007982	TTA	4	53092	53102	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	94502722
77	NC_007982	ATTG	3	53147	53159	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	94502722
78	NC_007982	TAAG	3	53326	53337	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502722
79	NC_007982	AAAG	3	53428	53439	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	94502722
80	NC_007982	AAGA	3	53843	53853	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	94502722
81	NC_007982	AGTA	3	55429	55440	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502722
82	NC_007982	AAATG	3	55576	55590	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	94502722
83	NC_007982	CTT	4	55918	55929	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	94502722
84	NC_007982	CTTT	3	56460	56470	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	94502722
85	NC_007982	AATA	3	56922	56933	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	94502722
86	NC_007982	GTA	4	57951	57961	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	94502722
87	NC_007982	TGGA	4	58127	58142	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	94502722
88	NC_007982	TCTA	3	58143	58154	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	94502722
89	NC_007982	AGA	4	59191	59202	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	94502722
90	NC_007982	TA	6	60294	60304	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	94502722
91	NC_007982	TTTA	3	62223	62234	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	94502722
92	NC_007982	GTAA	3	62363	62375	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	94502722
93	NC_007982	TAAC	3	64961	64971	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	94502719
94	NC_007982	CTGA	3	65683	65694	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	94502719
95	NC_007982	TA	7	66017	66029	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	94502719
96	NC_007982	GGAA	3	66539	66549	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	94502719
97	NC_007982	TAATA	3	69469	69483	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	94502719
98	NC_007982	AAG	4	69826	69837	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	94502719
99	NC_007982	AAAGT	3	70113	70127	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	94502719
100	NC_007982	AGA	4	71606	71616	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	94502719
101	NC_007982	AGG	4	72131	72141	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	94502719
102	NC_007982	TTCT	3	73287	73298	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	94502719
103	NC_007982	CTTT	3	73320	73330	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	94502719
104	NC_007982	ACG	4	74061	74072	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	94502719
105	NC_007982	A	12	76866	76877	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	94502719
106	NC_007982	AATG	3	77460	77472	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	94502719
107	NC_007982	GTCC	3	78355	78365	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	94502719
108	NC_007982	TCA	4	78494	78504	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	94502719
109	NC_007982	GCTA	3	80112	80123	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	94502719
110	NC_007982	TG	6	80816	80826	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	94502719
111	NC_007982	GGCTAG	3	81090	81106	17	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	5 %	94502719
112	NC_007982	TTTG	3	81357	81368	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	94502719
113	NC_007982	AGAT	3	81526	81538	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	94502719
114	NC_007982	GCCC	3	81614	81624	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	94502719
115	NC_007982	AAC	4	82107	82118	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	94502719
116	NC_007982	TGC	5	82530	82545	16	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	94502719
117	NC_007982	TA	6	82856	82866	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	94502719
118	NC_007982	GGT	4	83310	83322	13	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	7 %	94502719
119	NC_007982	ACT	4	83693	83704	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	94502719
120	NC_007982	TCC	4	83932	83942	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	94502719
121	NC_007982	ATG	4	85386	85396	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	94502719
122	NC_007982	TACTG	3	85885	85898	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	94502719
123	NC_007982	ACA	4	86181	86193	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	94502719
124	NC_007982	ATAGT	5	86785	86809	25	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	94502719
125	NC_007982	AGT	4	86944	86955	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	94502719
126	NC_007982	ATACGA	4	87036	87059	24	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	8 %	94502719
127	NC_007982	AAAT	3	87802	87813	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	94502719
128	NC_007982	AATAGG	3	89535	89551	17	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	94502719
129	NC_007982	TATC	3	89580	89590	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	94502719
130	NC_007982	GAG	4	90021	90031	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	94502719
131	NC_007982	AAGT	3	90754	90765	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502719
132	NC_007982	AAGC	3	92175	92186	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	94502719
133	NC_007982	TA	11	92591	92613	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	94502719
134	NC_007982	TAAGA	3	93302	93321	20	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	94502719
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138	NC_007982	CTT	4	95791	95802	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	94502719
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240	NC_007982	TAATA	3	170089	170103	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	94502722
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253	NC_007982	AT	6	177524	177534	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	94502722
254	NC_007982	TAT	4	178558	178569	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	94502722
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256	NC_007982	AAG	4	179269	179280	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	94502722
257	NC_007982	GATT	3	180882	180893	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	94502722
258	NC_007982	GA	6	181481	181491	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	94502722
259	NC_007982	CTAT	3	181992	182004	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	94502722
260	NC_007982	GAATGG	4	182063	182086	24	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	8 %	94502722
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262	NC_007982	TAAG	3	183647	183658	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	94502722
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266	NC_007982	TATT	4	185781	185796	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	94502722
267	NC_007982	CAAT	3	187242	187252	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	94502722
268	NC_007982	GAAA	3	187931	187941	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	94502722
269	NC_007982	ATGA	3	188036	188047	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502722
270	NC_007982	TCT	4	188246	188256	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	94502722
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275	NC_007982	AGAA	3	191152	191163	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	94502722
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286	NC_007982	CTTT	3	202414	202425	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	94502722
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363	NC_007982	ATGG	3	260083	260095	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	94502722
364	NC_007982	CTTT	4	260196	260211	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	94502722
365	NC_007982	GCC	4	263940	263951	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	94502722
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367	NC_007982	AAG	4	265209	265220	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	94502722
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369	NC_007982	TCTTTA	3	265891	265908	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	0 %	94502722
370	NC_007982	GGAG	3	266299	266311	13	25 %	0 %	75 %	0 %	7 %	94502722
371	NC_007982	ATC	4	266605	266615	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	94502722
372	NC_007982	AGGG	3	269069	269080	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	94502722
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374	NC_007982	TGGAT	3	271247	271261	15	20 %	40 %	40 %	0 %	0 %	94502722
375	NC_007982	AGA	4	272238	272250	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	94502722
376	NC_007982	A	13	272763	272775	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	94502722
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500	NC_007982	CGA	4	359255	359266	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	94502722
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503	NC_007982	AATT	3	360249	360260	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	94502722
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855	NC_007982	GA	6	564533	564543	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	94502602
856	NC_007982	GCGG	3	564834	564845	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	94502602
857	NC_007982	ATTCTG	3	566058	566075	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
858	NC_007982	T	17	566192	566208	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Zea mays subsp. mays mitochondrion