ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Glycine max chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007942	AAGT	3	1014	1024	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	91214123
2	NC_007942	TCT	5	2121	2134	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	91214124
3	NC_007942	ATAA	3	2619	2630	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	91214124
4	NC_007942	ATA	4	2980	2991	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	91214124
5	NC_007942	TA	6	4510	4520	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_007942	TA	6	4523	4533	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_007942	ATCGAA	3	4981	4999	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
8	NC_007942	AT	22	5156	5197	42	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_007942	T	12	6968	6979	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007942	GGAA	3	9065	9077	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	91214127
11	NC_007942	A	13	9654	9666	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007942	AAAT	3	10271	10282	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_007942	AAGA	3	10319	10329	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_007942	GTTT	3	10432	10444	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_007942	ATA	4	10495	10506	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_007942	TACTA	3	10535	10550	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
17	NC_007942	AGAAT	3	10567	10580	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_007942	ATA	4	10619	10630	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_007942	TTTA	3	10668	10678	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_007942	ACTAAT	3	10687	10705	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
21	NC_007942	CAAA	3	11189	11200	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	91214129
22	NC_007942	CCCA	3	12818	12830	13	25 %	0 %	0 %	75 %	7 %	Non-Coding
23	NC_007942	AAAT	3	12938	12950	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_007942	TCTA	4	14192	14206	15	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
25	NC_007942	TTTC	3	14412	14422	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
26	NC_007942	ATT	5	14613	14627	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_007942	AAT	4	14646	14657	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_007942	CTT	4	15094	15104	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
29	NC_007942	AAT	4	15802	15814	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	91214131
30	NC_007942	TA	6	16830	16841	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	91214132
31	NC_007942	AAAG	3	17853	17864	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	91214132
32	NC_007942	TA	7	17940	17952	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	91214132
33	NC_007942	TATC	4	18422	18437	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
34	NC_007942	TAGA	4	18446	18461	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_007942	TCTT	3	20975	20986	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	91214133
36	NC_007942	TAT	4	23469	23479	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_007942	AGA	4	23600	23610	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	91214135
38	NC_007942	TAT	4	24521	24533	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_007942	TCTA	3	24542	24553	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
40	NC_007942	T	13	24603	24615	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007942	AAGA	3	24616	24626	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_007942	TAAT	3	24633	24643	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_007942	TA	9	24654	24671	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
44	NC_007942	CT	7	25477	25489	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
45	NC_007942	ATTT	3	25504	25515	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_007942	AAGAAA	3	25556	25574	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
47	NC_007942	AAGC	3	26227	26237	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	91214137
48	NC_007942	TA	6	26531	26541	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	91214137
49	NC_007942	AATA	3	28263	28273	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_007942	ATT	4	28603	28615	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_007942	ATT	8	28626	28649	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_007942	ATA	4	29629	29640	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_007942	TGTT	3	31052	31063	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_007942	A	12	31488	31499	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_007942	TA	6	31739	31750	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_007942	TAGAA	3	31945	31959	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_007942	TTCA	3	32547	32558	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
58	NC_007942	TTTC	3	32745	32755	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_007942	TA	6	32799	32809	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_007942	TTATAT	3	32814	32830	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
61	NC_007942	TA	7	32833	32847	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_007942	AATCT	3	32892	32905	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
63	NC_007942	AT	6	33380	33391	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_007942	A	16	33426	33441	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_007942	AT	7	33688	33700	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_007942	ATA	4	33905	33916	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_007942	TTTC	3	34858	34870	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	91214141
68	NC_007942	A	12	34886	34897	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	91214141
69	NC_007942	AAC	4	37505	37516	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	91214142
70	NC_007942	A	12	38153	38164	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	91214142
71	NC_007942	A	13	38503	38515	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	91214142
72	NC_007942	GAA	4	39009	39021	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	91214142
73	NC_007942	CAT	4	40821	40832	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	91214143
74	NC_007942	A	13	42705	42717	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	91214143
75	NC_007942	TAA	5	45712	45725	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_007942	AAAT	3	45873	45883	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_007942	AAT	4	45920	45931	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_007942	ACTT	3	46087	46097	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	91214145
79	NC_007942	GTT	5	46571	46585	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	91214145
80	NC_007942	A	13	46895	46907	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_007942	TAA	4	47144	47154	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_007942	AT	7	47392	47404	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_007942	TAT	4	47675	47686	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_007942	CTG	4	47834	47845	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	91214146
85	NC_007942	CTCTT	3	48235	48248	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
86	NC_007942	AT	8	48408	48423	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_007942	TA	7	48433	48446	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_007942	AATT	3	49565	49577	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	91214147
89	NC_007942	TAAA	3	49842	49853	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_007942	TGT	4	50080	50091	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	91214148
91	NC_007942	A	22	51522	51543	22	100 %	0 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_007942	T	18	51694	51711	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
93	NC_007942	AAAAT	3	51819	51832	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_007942	AATA	3	52787	52798	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_007942	GAT	4	53856	53866	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_007942	AAAG	3	54063	54073	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	91214150
97	NC_007942	TA	6	54290	54303	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_007942	T	19	54958	54976	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
99	NC_007942	TTTA	3	55446	55457	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	91214151
100	NC_007942	ATTT	3	56054	56064	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	91214151
101	NC_007942	TTAT	3	56768	56780	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_007942	TAT	4	56834	56844	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_007942	ATG	4	57119	57130	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	91214152
104	NC_007942	AT	6	58239	58249	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_007942	TA	6	58288	58299	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_007942	A	15	58358	58372	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_007942	AT	6	58390	58400	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_007942	TTCT	3	58763	58774	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
109	NC_007942	ATT	4	59385	59395	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_007942	TTC	4	61471	61482	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	91214155
111	NC_007942	TAAAA	3	61893	61907	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
112	NC_007942	A	15	62255	62269	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
113	NC_007942	A	14	62414	62427	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_007942	TTCT	4	63425	63439	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
115	NC_007942	TTG	4	63668	63679	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_007942	TTCTA	3	63690	63704	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
117	NC_007942	AT	10	64787	64806	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
118	NC_007942	AT	14	65068	65094	27	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_007942	TTAATC	3	65822	65839	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
120	NC_007942	GAAA	3	66155	66166	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	91214163
121	NC_007942	A	12	66711	66722	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	91214164
122	NC_007942	AAGA	3	66829	66839	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_007942	TA	6	67497	67508	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_007942	AAAT	3	67533	67543	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_007942	CTTT	3	67677	67688	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007942	TTTA	3	67695	67706	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_007942	AT	6	68064	68075	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_007942	AT	6	68315	68327	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	91214186
129	NC_007942	TTAT	3	68510	68520	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	91214186
130	NC_007942	CTG	4	68558	68569	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	91214186
131	NC_007942	A	16	69271	69286	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	91214186
132	NC_007942	GATA	3	69318	69330	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	91214186
133	NC_007942	TAT	4	69427	69439	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	91214186
134	NC_007942	TCT	4	69704	69714	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	91214186
135	NC_007942	ATTC	3	70424	70435	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	91214186
136	NC_007942	AAT	4	70604	70614	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	91214186
137	NC_007942	ATTT	3	70788	70799	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	91214186
138	NC_007942	TAAA	3	73101	73112	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	91214186
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223	NC_007942	CATT	3	125477	125487	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	91214200
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229	NC_007942	TTTTC	3	132950	132964	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	91214200
230	NC_007942	TAA	4	136655	136666	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	91214200
231	NC_007942	AATAGA	3	136990	137006	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	91214200
232	NC_007942	T	16	142758	142773	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
233	NC_007942	ATCA	3	145142	145154	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	91214203
234	NC_007942	ACC	4	145331	145341	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	91214203
235	NC_007942	AAAG	3	146984	146994	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	91214203
236	NC_007942	TATT	3	148028	148039	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	91214203
237	NC_007942	TATT	3	149979	149990	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
238	NC_007942	ATC	4	150140	150150	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
239	NC_007942	ATC	4	151566	151576	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	91214205
240	NC_007942	GAA	5	152032	152046	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	91214205

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Glycine max chloroplast