ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Saccharum hybrid cultivar SP-80-3280 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_005878	T	13	1687	1699	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	48478710
2	NC_005878	TTC	4	1791	1803	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	48478710
3	NC_005878	ATTT	3	2127	2138	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_005878	CTTT	3	2166	2176	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_005878	TTC	4	2257	2268	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	48478711
6	NC_005878	CTT	4	3384	3395	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	48478712
7	NC_005878	AAT	4	3893	3905	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	48478714
8	NC_005878	GATC	3	8589	8600	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_005878	TA	6	8930	8941	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	48478719
10	NC_005878	TCAAAA	4	9980	10003	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
11	NC_005878	ATA	4	12295	12305	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_005878	TTTGTT	3	13215	13233	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	48478721
13	NC_005878	TTCT	3	13354	13364	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	48478721
14	NC_005878	TAC	4	14112	14123	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
15	NC_005878	TCTA	3	15063	15074	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
16	NC_005878	AAAC	3	18280	18292	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	48478723
17	NC_005878	ATCC	3	18414	18425	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	48478723
18	NC_005878	CTAT	3	18802	18813	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
19	NC_005878	ACGG	3	21671	21682	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
20	NC_005878	AGGT	3	21955	21966	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_005878	AACG	3	23280	23291	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_005878	AAAG	4	24613	24628	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_005878	AAG	4	27626	27637	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478728
24	NC_005878	CAAA	3	28577	28587	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
25	NC_005878	A	12	28722	28733	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_005878	ATTG	3	28827	28838	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_005878	GCAA	3	29491	29501	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	48478729
28	NC_005878	ATTT	3	31280	31290	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_005878	GA	6	31381	31392	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	48478731
30	NC_005878	CAA	4	32799	32809	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	48478731
31	NC_005878	TTA	4	33623	33633	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_005878	ATTG	3	33678	33690	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	48478733
33	NC_005878	TTG	4	34081	34091	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_005878	TTTA	3	34129	34140	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_005878	ATT	4	35736	35746	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	48478736
36	NC_005878	TTC	5	35912	35926	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	48478736
37	NC_005878	TA	6	36315	36325	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48478736
38	NC_005878	ATCC	3	38313	38324	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	48478737
39	NC_005878	TC	6	38416	38427	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	48478737
40	NC_005878	TAA	4	38933	38943	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_005878	AAAT	3	39276	39286	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_005878	CTTT	4	40489	40504	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
43	NC_005878	TCGT	3	41825	41836	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_005878	CTTA	3	42032	42042	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
45	NC_005878	CCGT	3	43435	43446	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
46	NC_005878	AGAA	3	46210	46220	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_005878	AGGA	3	46469	46480	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	48478742
48	NC_005878	GGAT	3	46693	46704	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	48478742
49	NC_005878	ATAAGC	3	47289	47306	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
50	NC_005878	TA	7	50040	50053	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_005878	GTA	4	50995	51006	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
52	NC_005878	AGAA	3	51754	51764	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	48478793
53	NC_005878	TTTTGA	4	55115	55138	24	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	8 %	48478793
54	NC_005878	TCTTCA	3	57260	57277	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	48478793
55	NC_005878	TGAA	3	58413	58424	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	48478793
56	NC_005878	ATT	4	61213	61225	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	48478793
57	NC_005878	CAG	4	62310	62321	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	48478793
58	NC_005878	AAGT	3	62416	62426	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	48478793
59	NC_005878	A	19	65379	65397	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	48478793
60	NC_005878	TTTA	3	66103	66114	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	48478793
61	NC_005878	TCTCT	3	66292	66305	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	48478793
62	NC_005878	TTCT	3	66749	66759	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	48478793
63	NC_005878	AGAA	3	67802	67813	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	48478793
64	NC_005878	AAAT	3	67818	67828	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	48478793
65	NC_005878	T	14	68072	68085	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	48478793
66	NC_005878	CTT	4	68393	68403	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	48478793
67	NC_005878	TTGAC	3	68588	68602	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	48478793
68	NC_005878	TAT	6	68855	68873	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	48478793
69	NC_005878	CTTTTT	3	69096	69113	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	48478793
70	NC_005878	ATTT	3	70513	70524	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	48478793
71	NC_005878	GAA	4	70602	70613	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
72	NC_005878	TTTA	3	70813	70824	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	48478793
73	NC_005878	GAAA	3	72512	72523	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	48478793
74	NC_005878	TTG	4	72918	72928	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	48478793
75	NC_005878	ATTT	3	73484	73494	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	48478793
76	NC_005878	ATGA	3	73563	73574	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	48478793
77	NC_005878	AG	6	73637	73647	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	48478793
78	NC_005878	T	13	75002	75014	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	48478793
79	NC_005878	AT	6	75059	75069	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48478793
80	NC_005878	CCTT	3	76408	76419	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	48478793
81	NC_005878	AAAG	3	76443	76453	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	48478793
82	NC_005878	TAGG	3	76955	76966	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	48478793
83	NC_005878	T	14	78181	78194	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	48478793
84	NC_005878	CAAT	3	78311	78323	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	48478793
85	NC_005878	TCTAT	3	78360	78375	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	48478793
86	NC_005878	CAAAGA	3	78963	78979	17	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	5 %	48478793
87	NC_005878	GTAT	3	79085	79095	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	48478793
88	NC_005878	TAA	4	79796	79806	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	48478793
89	NC_005878	ATAGA	3	80721	80735	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	48478793
90	NC_005878	AAAG	3	80744	80755	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	48478793
91	NC_005878	A	15	80824	80838	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	48478793
92	NC_005878	ATCA	3	81348	81358	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	48478793
93	NC_005878	CTTT	3	81712	81723	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	48478793
94	NC_005878	TAAA	3	82030	82041	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	48478793
95	NC_005878	CTTT	3	82403	82414	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	48478793
96	NC_005878	TATAA	5	82647	82670	24	60 %	40 %	0 %	0 %	4 %	48478793
97	NC_005878	ATA	4	82756	82766	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	48478793
98	NC_005878	CTA	4	83093	83104	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	48478793
99	NC_005878	TTTC	3	84149	84161	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	48478793
100	NC_005878	AGA	4	84175	84186	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
101	NC_005878	AAAAG	3	84944	84957	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	48478793
102	NC_005878	AAAT	3	88497	88508	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	48478793
103	NC_005878	AGAA	3	88747	88758	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	48478793
104	NC_005878	AT	6	89814	89824	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48478793
105	NC_005878	GTTC	3	90793	90803	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	48478793
106	NC_005878	AGA	4	91321	91332	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
107	NC_005878	TTCA	3	91529	91539	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	48478793
108	NC_005878	GAA	4	92054	92065	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
109	NC_005878	TTAA	3	93804	93815	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	48478793
110	NC_005878	ATT	4	93874	93886	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	48478793
111	NC_005878	GAAA	3	93947	93957	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	48478793
112	NC_005878	ATT	4	94742	94753	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48478793
113	NC_005878	AT	6	94809	94819	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48478793
114	NC_005878	TA	6	94983	94993	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48478793
115	NC_005878	GTT	5	95543	95557	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	48478793
116	NC_005878	TGC	4	96520	96531	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	48478793
117	NC_005878	CTTT	3	96787	96797	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	48478793
118	NC_005878	CTTT	3	97192	97202	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	48478793
119	NC_005878	CATA	3	98086	98096	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	48478793
120	NC_005878	AAAG	3	98102	98113	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	48478793
121	NC_005878	T	15	100463	100477	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	48478793
122	NC_005878	AAAT	3	101289	101300	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	48478793
123	NC_005878	ATG	4	102674	102684	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	48478793
124	NC_005878	AAGA	3	103768	103779	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	48478793
125	NC_005878	GCA	4	104572	104583	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	48478793
126	NC_005878	TG	6	104609	104619	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	48478793
127	NC_005878	CTAG	3	104711	104723	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	48478793
128	NC_005878	AAG	4	106684	106695	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
129	NC_005878	ATCA	3	106727	106737	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	48478793
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131	NC_005878	CT	6	108212	108223	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	48478793
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Saccharum hybrid cultivar SP-80-3280 chloroplast