ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Amborella trichopoda chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_005086	CAG	4	1031	1042	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	126022810
2	NC_005086	AATA	3	2133	2144	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_005086	A	13	4054	4066	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_005086	AAT	4	4735	4746	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_005086	ATT	4	5596	5606	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_005086	T	14	5608	5621	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_005086	TCTATA	3	5668	5684	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
8	NC_005086	ATTCAT	3	5791	5809	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
9	NC_005086	TAA	4	5821	5833	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_005086	A	12	6528	6539	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	34500896
11	NC_005086	ATTT	4	6605	6620	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	34500896
12	NC_005086	ATCA	3	6988	6999	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	34500896
13	NC_005086	A	17	7443	7459	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
14	NC_005086	GAAC	3	7560	7570	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_005086	AATC	3	7796	7806	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
16	NC_005086	TAA	4	7983	7993	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_005086	ATT	4	8121	8132	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_005086	TA	6	8259	8270	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_005086	AAAT	3	8457	8467	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_005086	AAAG	3	9804	9815	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_005086	GA	6	9864	9875	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_005086	CTTTA	4	10347	10366	20	20 %	60 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
23	NC_005086	TTTTTC	3	10367	10384	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
24	NC_005086	TAAT	3	10573	10583	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_005086	AT	10	10674	10694	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_005086	TAAT	4	10765	10780	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_005086	TAT	4	10974	10984	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_005086	AAG	4	11265	11277	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_005086	CTTT	3	11539	11551	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
30	NC_005086	A	26	11880	11905	26	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_005086	CT	6	12207	12217	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
32	NC_005086	A	18	12294	12311	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
33	NC_005086	ATCT	3	12399	12410	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_005086	CCCG	3	12532	12542	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	Non-Coding
35	NC_005086	A	17	14480	14496	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
36	NC_005086	ATTT	3	15485	15496	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34500900
37	NC_005086	T	15	15535	15549	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	34500900
38	NC_005086	ATT	5	15585	15599	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	34500900
39	NC_005086	ATT	5	15613	15627	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	34500900
40	NC_005086	ATT	5	15641	15655	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	34500900
41	NC_005086	ATT	4	15716	15727	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34500900
42	NC_005086	TTAAT	4	15728	15747	20	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	34500900
43	NC_005086	TTAG	3	15793	15803	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	34500900
44	NC_005086	TTAGA	3	15949	15963	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	34500900
45	NC_005086	A	12	16014	16025	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	34500900
46	NC_005086	ATTTT	3	16045	16059	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	34500900
47	NC_005086	TATAGT	3	16078	16094	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	34500900
48	NC_005086	AT	6	16106	16116	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34500900
49	NC_005086	TAAC	3	17045	17055	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
50	NC_005086	GATTT	3	17179	17192	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_005086	TCTTAT	3	17396	17413	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
52	NC_005086	TTC	4	18473	18484	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34500902
53	NC_005086	ACTTTG	3	18822	18839	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
54	NC_005086	AGTA	3	18881	18891	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_005086	ATTCA	4	19878	19898	21	40 %	40 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
56	NC_005086	ATA	6	19923	19939	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
57	NC_005086	TGT	4	20110	20120	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	126022811
58	NC_005086	TCAA	3	20203	20214	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	126022811
59	NC_005086	AT	6	20893	20904	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	126022811
60	NC_005086	TCT	4	21564	21575	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	126022811
61	NC_005086	T	15	21970	21984	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	126022811
62	NC_005086	TCAT	3	22548	22558	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	126022811
63	NC_005086	TTCA	3	26053	26064	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	34500905
64	NC_005086	GAAT	3	26131	26141	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34500905
65	NC_005086	GTT	4	27009	27020	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	34500905
66	NC_005086	TTTTCT	3	29636	29653	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	126022812
67	NC_005086	TAGAA	3	29733	29748	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	126022812
68	NC_005086	CAAATG	3	30467	30484	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
69	NC_005086	AGAATA	3	30540	30556	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
70	NC_005086	GGAAAG	3	31405	31423	19	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	Non-Coding
71	NC_005086	CAA	4	32319	32329	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
72	NC_005086	TTAT	3	32974	32984	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_005086	CAATA	3	33333	33348	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
74	NC_005086	GATA	3	33525	33536	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_005086	AACT	3	33684	33694	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
76	NC_005086	TTCT	3	34323	34335	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
77	NC_005086	TTATTT	4	34856	34878	23	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
78	NC_005086	TTTC	3	35137	35148	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
79	NC_005086	AT	6	36206	36216	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_005086	AT	7	36318	36330	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_005086	TA	6	36348	36358	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_005086	TTCA	3	36703	36713	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
83	NC_005086	A	14	37292	37305	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_005086	GATAC	3	37325	37338	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
85	NC_005086	TTTA	3	37364	37374	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_005086	AGTCTA	4	37400	37424	25	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	4 %	Non-Coding
87	NC_005086	GAAA	3	39289	39300	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34500910
88	NC_005086	T	12	40351	40362	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005086	AATA	3	40450	40461	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_005086	AG	6	40475	40485	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_005086	TA	6	40693	40703	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_005086	TC	6	41077	41087	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34500911
93	NC_005086	GAAAA	3	41166	41179	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_005086	A	12	41736	41747	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_005086	T	13	41972	41984	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_005086	ATG	4	43804	43814	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	34500913
97	NC_005086	AATG	3	45297	45308	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	34500914
98	NC_005086	CTA	4	45367	45378	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	34500914
99	NC_005086	TGTT	3	47180	47190	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_005086	TTTTG	3	48390	48404	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	34500915
101	NC_005086	TAT	5	48488	48501	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	34500915
102	NC_005086	TTTTA	4	49914	49932	19	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
103	NC_005086	GAAA	3	50569	50579	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_005086	AAGAA	5	51323	51347	25	80 %	0 %	20 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_005086	GAAT	3	51352	51364	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_005086	AGGG	3	51833	51845	13	25 %	0 %	75 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_005086	ATTTAG	3	53035	53051	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
108	NC_005086	CTTTT	3	53204	53218	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
109	NC_005086	T	15	55373	55387	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
110	NC_005086	TAAT	3	55395	55406	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005086	TAT	4	55423	55433	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_005086	A	13	55583	55595	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005086	AAT	4	56017	56028	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_005086	TAAA	3	56065	56076	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_005086	TTC	4	56185	56196	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
116	NC_005086	TTTC	3	56301	56311	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
117	NC_005086	AT	6	56795	56805	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_005086	AT	6	56879	56889	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_005086	ACAAA	3	57185	57200	16	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
120	NC_005086	CTT	4	57420	57431	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
121	NC_005086	TTTC	3	62569	62581	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
122	NC_005086	AGAACT	3	63822	63839	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	34500923
123	NC_005086	TAAA	3	64709	64721	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	34500923
124	NC_005086	ATTCTA	4	64986	65008	23	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
125	NC_005086	AT	6	65025	65036	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_005086	AAAAG	3	65178	65192	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_005086	AATTC	3	65214	65228	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
128	NC_005086	ATA	5	65268	65283	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
129	NC_005086	TAA	4	66948	66958	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_005086	CAAG	3	67348	67360	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
131	NC_005086	GAT	4	68454	68464	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	34500927
132	NC_005086	ATTG	3	70016	70026	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_005086	TTTG	3	70672	70683	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	34500929
134	NC_005086	TTCC	3	71310	71321	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
135	NC_005086	A	18	71787	71804	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
136	NC_005086	TTTC	3	71814	71825	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_005086	TTTA	3	72156	72166	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_005086	TA	11	72305	72328	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_005086	TA	6	73033	73046	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
140	NC_005086	AGGG	3	73826	73836	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_005086	TTTC	3	74830	74840	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
142	NC_005086	ATTC	3	74860	74871	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
143	NC_005086	ATTCCG	3	75011	75027	17	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
144	NC_005086	CTTT	3	75050	75060	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34500937
145	NC_005086	CAA	4	75855	75865	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
146	NC_005086	CTTT	3	75879	75889	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
147	NC_005086	GAATAA	3	76729	76747	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	34500973
148	NC_005086	CTT	4	77222	77234	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	34500973
149	NC_005086	AATAT	3	77378	77391	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	34500973
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151	NC_005086	A	16	77904	77919	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	34500973
152	NC_005086	TAC	4	78294	78305	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	34500973
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156	NC_005086	AATA	3	81599	81610	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34500973
157	NC_005086	TTAT	3	81634	81645	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34500973
158	NC_005086	AACAA	3	82958	82971	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	34500973
159	NC_005086	TACG	3	85682	85694	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	34500973
160	NC_005086	TC	6	86695	86705	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34500973
161	NC_005086	CCTTT	3	86945	86960	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	34500973
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163	NC_005086	T	20	87686	87705	20	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	34500973
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167	NC_005086	CAAT	3	89523	89533	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	34500973
168	NC_005086	TA	6	90149	90160	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34500973
169	NC_005086	ATTTT	3	90162	90176	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	34500973
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173	NC_005086	TTCT	3	94573	94583	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34500973
174	NC_005086	CTTT	3	95733	95743	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34500973
175	NC_005086	GAT	4	95888	95899	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34500973
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177	NC_005086	TGA	4	97630	97641	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34500973
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179	NC_005086	AATA	3	98510	98522	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	34500973
180	NC_005086	TTTC	3	98572	98583	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	34500973
181	NC_005086	GAAGGA	3	99290	99307	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	34500973
182	NC_005086	TCTA	3	100596	100606	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34500973
183	NC_005086	TTTC	3	101783	101794	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	34500973
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197	NC_005086	TAAG	3	114330	114340	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34500973
198	NC_005086	ATCA	3	114752	114762	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	34500973
199	NC_005086	GGAA	3	116293	116303	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	34500973
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233	NC_005086	TTTC	3	135010	135021	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	34500973
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236	NC_005086	A	12	138328	138339	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	34500973
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240	NC_005086	CCTT	3	143369	143379	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34500973
241	NC_005086	GTTA	4	143435	143449	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	34500973
242	NC_005086	TTC	4	143634	143644	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34500973
243	NC_005086	A	12	146676	146687	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	34500973
244	NC_005086	ACTAA	3	147244	147257	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	34500973
245	NC_005086	TATAA	3	147270	147283	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	34500973
246	NC_005086	AAAG	3	147790	147801	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34500973
247	NC_005086	GTA	4	148259	148270	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34500973
248	NC_005086	CATA	3	148804	148815	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	34500973
249	NC_005086	TCTATC	3	150577	150594	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	34500975
250	NC_005086	CATAC	3	153478	153491	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
251	NC_005086	TCCTTC	3	154350	154367	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	34500977
252	NC_005086	TGAA	3	155073	155084	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	34500977
253	NC_005086	TCA	4	156019	156031	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	34500977
254	NC_005086	ATC	4	157758	157769	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	34500977
255	NC_005086	AAAG	3	157914	157924	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34500977
256	NC_005086	ATTT	3	158947	158958	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34500977
257	NC_005086	ATC	4	160781	160791	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
258	NC_005086	TCG	4	162655	162666	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	34500979

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Amborella trichopoda chloroplast