ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Schizosaccharomyces japonicus mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_004332	TATTCT	3	29	46	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
2	NC_004332	TAT	4	201	212	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_004332	TTTA	3	362	374	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_004332	TTTATT	3	540	558	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
5	NC_004332	TAAT	3	1012	1022	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_004332	TA	6	1871	1881	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_004332	TAAT	5	1954	1973	20	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_004332	ATA	4	2120	2131	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_004332	TAA	4	2171	2182	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_004332	CTA	4	2199	2209	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
11	NC_004332	TAT	5	2235	2249	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_004332	TAA	4	2273	2284	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_004332	GATAA	3	2854	2867	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_004332	TAA	4	2870	2880	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_004332	AATTA	3	3780	3793	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_004332	ATT	4	4061	4073	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_004332	AATT	3	4254	4264	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_004332	AT	6	5294	5304	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_004332	AT	6	5308	5318	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_004332	TTAA	3	5838	5848	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_004332	ATA	4	5989	5999	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_004332	ATT	4	6423	6434	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_004332	ATA	4	6491	6502	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_004332	ATGA	4	6710	6725	16	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004332	TAA	4	6926	6937	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_004332	ATT	4	6940	6950	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_004332	TTC	4	8450	8462	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	23752281
28	NC_004332	TAAT	3	9137	9147	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_004332	ATT	5	9155	9168	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_004332	TGTATT	4	9749	9772	24	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	4 %	Non-Coding
31	NC_004332	TAT	4	10399	10410	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_004332	AT	8	10586	10600	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_004332	AT	8	10629	10643	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_004332	CCCT	3	10815	10826	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
35	NC_004332	TAA	4	11061	11072	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004332	TTTA	3	11403	11413	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_004332	TAAT	6	11507	11529	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_004332	TAT	5	11903	11917	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_004332	TTATT	3	12099	12112	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_004332	TTA	4	12622	12634	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_004332	AATATT	3	12824	12842	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
42	NC_004332	TAATT	3	12960	12974	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_004332	TATT	3	13885	13896	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_004332	TTTA	3	14889	14900	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004332	TAT	4	15139	15150	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_004332	TTA	5	15403	15416	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_004332	AATT	3	15603	15614	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_004332	CTAAA	3	15758	15772	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
49	NC_004332	TTAT	4	16699	16714	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_004332	TAAT	7	16758	16784	27	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_004332	AAT	4	16993	17005	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	23752282
52	NC_004332	TCTT	3	17668	17679	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	23752282
53	NC_004332	TAAA	3	18055	18066	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	23752282
54	NC_004332	ATTA	3	18100	18112	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	23752282
55	NC_004332	TAA	4	18244	18255	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	23752282
56	NC_004332	TAA	4	19029	19040	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	23752282
57	NC_004332	ATT	4	20400	20411	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	23752282
58	NC_004332	TTTA	3	20443	20453	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	23752282
59	NC_004332	ATAA	3	20553	20564	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	23752282
60	NC_004332	TAAA	3	21274	21284	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	23752282
61	NC_004332	AT	6	21519	21530	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	23752282
62	NC_004332	ATT	4	21572	21582	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	23752282
63	NC_004332	TAA	4	22019	22031	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	23752282
64	NC_004332	TTAT	4	23223	23239	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	23752282
65	NC_004332	C	12	23458	23469	12	0 %	0 %	0 %	100 %	8 %	Non-Coding
66	NC_004332	AC	7	23468	23481	14	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
67	NC_004332	TTA	4	23516	23527	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_004332	TATAAA	3	23601	23617	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
69	NC_004332	ATT	4	23628	23639	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_004332	TAT	4	23876	23886	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_004332	ATTT	3	24087	24099	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_004332	TTTA	4	24154	24170	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
73	NC_004332	ATTT	3	24221	24232	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_004332	TAT	9	24324	24350	27	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_004332	TATT	4	24671	24687	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
76	NC_004332	TAT	4	24888	24898	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_004332	ATT	4	25153	25164	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_004332	TAT	5	25284	25298	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_004332	AAAT	3	25826	25838	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_004332	TTA	4	26021	26032	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_004332	GTG	4	26278	26289	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	23752286
82	NC_004332	TTAAAT	4	26451	26474	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_004332	TACT	3	26479	26490	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
84	NC_004332	ATT	4	26685	26696	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_004332	TAA	4	26789	26801	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_004332	TATTT	3	26977	26990	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_004332	TTA	4	27006	27017	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_004332	TAAT	3	27216	27226	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_004332	ATTA	3	27351	27362	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_004332	ATT	5	27401	27414	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_004332	TAC	8	27754	27777	24	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
92	NC_004332	TAA	4	27927	27938	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_004332	ATT	4	29423	29433	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_004332	ATTCT	3	29741	29754	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
95	NC_004332	TAAT	3	29857	29867	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_004332	TAAT	3	30009	30020	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_004332	ATTT	3	30075	30087	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_004332	AAT	4	30249	30259	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_004332	AATT	3	30841	30851	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_004332	ATTT	3	30869	30881	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_004332	TAAA	3	31404	31414	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	23752287
102	NC_004332	TAT	4	31491	31501	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	23752287
103	NC_004332	TAT	5	31555	31569	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	23752287
104	NC_004332	CTAT	3	32136	32146	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	23752287
105	NC_004332	TA	6	32344	32354	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_004332	TAT	4	32654	32666	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_004332	AAT	4	32676	32687	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_004332	ATT	4	33074	33086	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_004332	TA	6	33151	33161	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_004332	GATTT	3	33285	33300	16	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_004332	AATT	3	33562	33573	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	23752288
112	NC_004332	TAAT	3	33752	33763	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	23752288
113	NC_004332	ATA	4	33766	33777	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	23752288
114	NC_004332	TTA	4	33990	34001	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	23752288
115	NC_004332	TAT	4	34007	34018	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	23752288
116	NC_004332	TTTA	3	34323	34334	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_004332	TTA	4	34564	34576	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_004332	TTTA	3	35383	35394	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_004332	ATT	4	35537	35548	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_004332	ATT	4	35583	35594	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_004332	ATT	4	35827	35838	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_004332	ATT	4	36083	36095	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_004332	TTAA	3	36215	36227	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_004332	TAT	4	36296	36307	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_004332	TAT	4	36456	36466	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_004332	TAT	4	37098	37108	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_004332	TAT	4	37523	37535	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
128	NC_004332	ATT	4	37669	37679	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_004332	TAT	4	37861	37872	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_004332	TTAT	3	38224	38236	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_004332	TAAA	3	38345	38357	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
132	NC_004332	TTTA	3	38423	38435	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_004332	ATA	4	38746	38756	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_004332	TATT	3	38878	38890	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
135	NC_004332	ATT	5	39844	39859	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
136	NC_004332	CTA	4	40094	40104	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
137	NC_004332	TAAT	3	40115	40125	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_004332	AAGT	3	40700	40710	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
139	NC_004332	TCT	5	40787	40801	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
140	NC_004332	ATT	4	40802	40813	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
141	NC_004332	TAA	4	41619	41629	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
142	NC_004332	ATCA	3	41799	41810	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
143	NC_004332	AATT	3	42257	42268	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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161	NC_004332	TTTA	3	47766	47776	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
162	NC_004332	ATTAT	3	47872	47885	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
163	NC_004332	TTAA	3	47968	47978	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
164	NC_004332	TTAA	3	48035	48045	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
165	NC_004332	TTAA	3	48069	48079	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
166	NC_004332	ATTA	4	48633	48648	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
167	NC_004332	ATTA	3	48719	48730	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
168	NC_004332	TAGTA	3	49085	49099	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_004332	TTAT	3	50661	50671	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
172	NC_004332	TTAATT	3	50793	50811	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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181	NC_004332	TA	6	52039	52049	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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184	NC_004332	TTAA	3	52762	52773	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
185	NC_004332	ATTT	3	53147	53158	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
186	NC_004332	TA	6	53393	53404	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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196	NC_004332	ATT	4	56922	56934	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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259	NC_004332	ATT	4	79658	79669	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
260	NC_004332	TTA	4	79702	79713	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
261	NC_004332	TATCT	15	79825	79897	73	20 %	60 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
262	NC_004332	ATT	6	79918	79936	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Schizosaccharomyces japonicus mitochondrion