ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Ochromonas danica mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_002571	GTA	4	6	16	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_002571	AT	12	118	140	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_002571	AT	6	144	155	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_002571	TAG	4	312	322	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_002571	AATC	3	1198	1209	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002571	ATCA	3	1216	1228	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
7	NC_002571	TAA	4	1252	1262	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_002571	CTT	4	1398	1409	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465906
9	NC_002571	CAAA	3	1473	1484	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	11465906
10	NC_002571	TA	7	1500	1512	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11465906
11	NC_002571	AAAG	3	1584	1594	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11465906
12	NC_002571	TAAT	3	2256	2267	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	11465863
13	NC_002571	CAAA	3	2816	2827	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	11465863
14	NC_002571	ATA	4	3292	3302	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465863
15	NC_002571	ATT	4	4270	4281	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465864
16	NC_002571	TAA	4	4408	4418	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465864
17	NC_002571	AAAC	3	4425	4435	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	11465864
18	NC_002571	TAA	4	4501	4514	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465864
19	NC_002571	AAAATA	3	4709	4727	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	11465864
20	NC_002571	TA	8	5431	5445	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	11465865
21	NC_002571	CAG	4	5670	5681	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11465865
22	NC_002571	TAAA	3	7754	7765	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465866
23	NC_002571	TAA	4	7898	7909	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465866
24	NC_002571	TAAA	3	8293	8303	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465866
25	NC_002571	AAT	4	9055	9066	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465867
26	NC_002571	ATAA	3	9216	9227	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465868
27	NC_002571	A	12	9428	9439	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11465868
28	NC_002571	ATA	4	9472	9482	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465868
29	NC_002571	ATA	4	9698	9709	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465868
30	NC_002571	A	16	10280	10295	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	11465868
31	NC_002571	ATA	4	10395	10406	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465868
32	NC_002571	ACA	4	10418	10429	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11465868
33	NC_002571	T	15	11740	11754	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	11465869
34	NC_002571	TAAT	3	11783	11794	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11465870
35	NC_002571	AAATAA	4	12379	12402	24	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	8 %	11465871
36	NC_002571	TAA	4	12522	12532	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465871
37	NC_002571	AAAAT	3	12659	12672	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	11465871
38	NC_002571	TAAA	4	12816	12831	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	11465871
39	NC_002571	TAA	4	12991	13002	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465871
40	NC_002571	AATT	3	13036	13046	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465871
41	NC_002571	AT	6	14310	14320	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465872
42	NC_002571	AAAT	3	14341	14353	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	11465872
43	NC_002571	A	12	14773	14784	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11465872
44	NC_002571	A	12	15150	15161	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11465874
45	NC_002571	ATTT	3	15503	15514	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11465874
46	NC_002571	CAAAA	3	15816	15829	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	11465875
47	NC_002571	TAAA	5	16168	16186	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	11465875
48	NC_002571	AATA	3	16230	16241	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465876
49	NC_002571	AAAT	3	16990	17000	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465877
50	NC_002571	AT	6	17499	17509	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465878
51	NC_002571	AACT	3	17859	17870	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
52	NC_002571	ATAA	3	18730	18740	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465880
53	NC_002571	T	14	18951	18964	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	11465880
54	NC_002571	TA	7	19409	19422	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11465880
55	NC_002571	AAAG	3	19510	19521	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11465880
56	NC_002571	TAAT	3	20035	20046	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	11465880
57	NC_002571	A	12	20149	20160	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	11465881
58	NC_002571	CCT	4	20462	20472	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	11465881
59	NC_002571	AGA	4	21115	21127	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_002571	CAAA	3	21184	21195	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_002571	AATA	3	21258	21268	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465883
62	NC_002571	ATA	4	21998	22009	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465884
63	NC_002571	AAATA	3	22132	22147	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	11465884
64	NC_002571	TTAT	3	23357	23367	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465886
65	NC_002571	GTTAA	3	23541	23554	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_002571	TCTT	3	23651	23662	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
67	NC_002571	TTA	4	23664	23674	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_002571	TAAA	3	24390	24400	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465887
69	NC_002571	ATTT	3	24614	24625	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11465888
70	NC_002571	TTTC	3	24971	24981	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11465888
71	NC_002571	CAA	4	25585	25595	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	11465889
72	NC_002571	CAAT	3	25653	25664	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11465889
73	NC_002571	TA	6	25817	25828	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_002571	AAT	4	25830	25840	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_002571	ATA	4	26028	26038	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465890
76	NC_002571	TAT	4	26876	26886	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465891
77	NC_002571	TAT	4	26890	26901	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465891
78	NC_002571	AT	7	27130	27142	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11465891
79	NC_002571	TTA	4	27346	27356	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465891
80	NC_002571	TTTTAA	3	27379	27397	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	11465891
81	NC_002571	TAT	4	27723	27734	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465892
82	NC_002571	AGA	4	27765	27776	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465892
83	NC_002571	TAAAA	3	28885	28898	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	11465895
84	NC_002571	GAG	4	29085	29096	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11465895
85	NC_002571	AGT	4	29212	29223	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11465895
86	NC_002571	TTTC	3	29449	29459	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11465896
87	NC_002571	TAA	4	29559	29570	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465896
88	NC_002571	TTTAT	3	30137	30150	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	11465897
89	NC_002571	ATT	4	30839	30851	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11465898
90	NC_002571	T	12	30868	30879	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	11465898
91	NC_002571	AAG	4	33168	33179	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_002571	ATTA	4	34282	34297	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	11465899
93	NC_002571	ATTAT	3	34510	34524	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	11465899
94	NC_002571	TTG	4	35391	35401	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_002571	TATTTT	3	35940	35957	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_002571	TAT	4	36325	36335	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_002571	ATT	7	36973	36993	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465901
98	NC_002571	GGT	4	37322	37333	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	11465901
99	NC_002571	TAAA	3	38523	38533	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_002571	AATT	3	38794	38804	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465902
101	NC_002571	CTTT	3	39442	39452	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11465903
102	NC_002571	GATT	3	39827	39838	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_002571	CTA	4	40714	40724	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
104	NC_002571	AT	6	40883	40893	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_002571	TA	8	40904	40919	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
106	NC_002571	ACT	4	41018	41028	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Ochromonas danica mitochondrion